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RNA Pulldown、DNA Pull-down

實驗意義：

核酸與蛋白質(zhì)的互作是細胞功能的核心，包括蛋白質(zhì)合成、mRNA組裝等生命活動中重要的代謝過程，研究核酸與蛋白質(zhì)的互作是研究生命科學(xué)的基本工具。

實驗原理及步驟

RNA Pull-down:通過體外轉(zhuǎn)錄RNA并用生物素進行標記，然后與胞漿蛋白混合物共同孵育形成RNA蛋白質(zhì)復(fù)合物，然后用鏈霉親和素標記的磁珠分離純化該復(fù)合物(利用生物素與鏈霉親和素的非共價親和作用)。洗脫后進行檢測，如果檢測蛋白為已知蛋白可通過WB進行鑒定，如果檢測未知蛋白則可以結(jié)合質(zhì)譜進行鑒定。流程為提取細胞胞漿蛋白樣品液- -體外轉(zhuǎn)錄合成生物素標記RNA-共孵育_ -磁珠純化- -洗脫得到互作蛋白. -WB或質(zhì)譜鑒定。

DNA Pull-down:通過合成標記有生物素的DNA片段，與細胞核蛋白混合物共同孵育形成DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物，然后用鏈霉親和素磁珠純化，WB或者質(zhì)譜進行檢測鑒定。流程為提取核蛋白樣品液- -合成生物素標記DNA-共孵育- -磁珠純化- ~洗脫

得到互作蛋白- -WB或質(zhì)譜鑒定。

結(jié)果展示

RNA Pull-down

DNA Pull-down .

實驗周期及交付標準

1.實驗周期: 1-2個月

2.交付標準:

RNA Pull-down:探針序列、X光片.實驗報告(實驗步驟、試劑、儀器等)

DNA Pull-down:探針序列、X光片.實驗報告(實驗步驟.試劑、儀器等)

需確認信息

1.目的基因種屬及ID號

2.基因序列信息

3.樣本種屬及類型

4.樣本數(shù)量.

5.分析要求

參考文獻

[1]Chen R,Liu Y，Zhuang H，et al. Quantitative proteomics reveals that long non-coding RNA MAL AT1 interacts withDBC1 to regulate p53 acetylation[J]. Nucleic Acids Research, 2017, 45(17):9947-9959.

[2]Tran D H , Shishido Y，Chung S P , et al. lnentication of DNA-binding proteins that interact with the 5-f1anking region

of the human D-amino acid oxidase gene by pull-down assay coupled with two-dimensional gel electrophoresis and

mass spectrometry[J]. Journal of Pharmaceutical & Biomedical Analysis, 2015, 116:94-100.

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